Később pszichoterápia szakképesítést is szerzett, majd 1980-ban a Pécsi Orvostudományi Egyetemen akkor megalakult Orvosi Pszichológia Oktatócsoport alapítója lett. 1987-ben a Szegedi Orvostudományi Egyetem hívta meg az Orvosi Pszichológia Csoport megszervezésére és vezetésére egyetemi tanári pozícióban. 1993-ban a Semmelweis Orvostudományi Egyetem intézetvezetője, Kopp Mária kérte fel az orvosi antropológia tantárgy oktatásának bevezetésére az akkor alakult Magatartástudományi Intézetben. 1997-ben a Debreceni Orvostudományi Egyetem (DOTE) rektora, Muszbek László hívta meg Debrecenbe a Magatartástudományi Intézet megszervezésére. Vezetésével az 1997/98-as tanévben elindult a magatartástudományi tárgyak (orvosi pszichológia, kommunikáció, kulturális antropológia, szociológia és etika) oktatása. 1999-ben létrehozta az "Ariadné fonala" nevű, egyetemi hallgatókat segítő pszichológiai konzultációs szolgálatot. Tízéves intézetvezetői működése során jelentősen bővültek a Magatartástudományi Intézet oktatási feladatai.
Életét és munkásságát a Grúziában töltött két kutató-éve alatt megismert költő, Sota Rusztaveli általa is gyakran idézett sorai jellemzik: " Tied, amit széjjelosztasz; amit nem, mind kárba ment az! " A Magatartástudományi Intézet alapító professzorának emlékét tisztelettel megőrizzük. Molnár Pétert a Debreceni Egyetem, az Általános Orvostudományi Kar és a Klinikai Központ saját halottjának tekinti.